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Los Acertijos de Introducción, o Intro Puzzles son una serie de 27 niveles, divididos en siete categorías que te ayudarán a entender los conceptos del juego, así como a usar las diferentes herramientas de la interfaz de usuario. Aunque los primeros niveles son muy fáciles de resolver, es posible que encuentres dificultades a medida que avances.

En este artículo puedes ver la forma de solucionar cada uno de los niveles, organizados por categoría.


Sidechains (Cadenas Laterales)Editar

Nivel 1-1: Una Pequeña ColisiónEditar

Objetivo: Obtener 7900 puntos

Pistas:

  • Puedes arrastrar las Cadenas Laterales con el mouse.
  • Deshazte de esta COLISIÓN para completar el nivel.

==Instrucciones:

Al iniciar el nivel, verás un segmento de proteína del que sobresalen dos estructuras azules. A estas se les denomina hidrofílicos. Haz click sobre cualquiera de ellos y mueve el mouse para cambiar su posición; una vez que se encuentren lo suficientemente separados, la colisión desaparecerá.=={{Infobox{{Wikipedia{{Esbozo
}}}}}}

Nivel 1-2: Muévete Editar

Objetivo: Obtener 7700 puntos

Pistas:

  • Haz click sobre el fondo blanco y mueve el mouse para rotar la vista.
  • ¡Observa tu puntuación! Te dirá qué tan bien estás plegando la proteína.

Instrucciones: Rota la vista del escenario de forma que tengas acceso a los hidrofílicos. Sepáralos para desaparecer las colisiones.


Nivel 1-3: Esconde a los Hidrofóbicos Editar

Objetivo: Obtener 8110 puntos

Pistas:

  • Las Cadenas Laterales de color naranja se llaman HIDROFÓBICOS. Éstas deben estar encerradas dentro de la proteína.
  • Burbujas amarillas (EXPOSEDS) aparecen para señalar HIDROFÓBICOS que no se encuentran encerrados.
  • Las Cadenas Laterales de color azul necesitan mucho espacio, y deben apuntar hacia afuera.
  • Tu puntuación no se determina solo a partir de las colisiones, la forma en que ocultas los hidrofóbicos también la afecta.

Instrucciones: Mueve el hidrofóbico de forma que quede en el centro de la proteína. Cambia la posición del hidrofílico hasta obtener la puntuación necesaria.


Nivel 1-4: Sacúdelo Editar

Objetivo: Obtener 8250 puntos

Pistas:

  • Agrupa las estructuras anaranjadas, separa las azules.
  • Puedes acercar o alejar la vista. Mantén presionado SHIFT mientras haces click y mueves el ratón sobre el fondo blanco.
  • ¡Haz obtenido una nueva herramienta! SACUDIR (SHAKE) mueve todas las cadenas laterales al mismo tiempo. De esta forma, encontrará un buen lugar para cada una de ellas.
  • Presiona la barra espaciadora para detener el proceso de sacudir.

Instrucciones: Comienza estirando todos los hidrofílicos de forma que se alejen del resto de la proteína. Posteriormente, intenta acercar los hidrofóbicos entre sí, evitando que se creen colisiones. De esta forma recibirás una nueva herramienta, haz click en ella y espera a que el marcador suba lo suficiente para pasar al siguiente nivel.


Backbone Packing (Compactando Cadenas Principales)Editar

Nivel 2-1: Cuando las Cadenas Principales ChocanEditar

Objetivo: Obtener 7600 puntos

Pistas:

  • Puedes mover la CADENA PRINCIPAL. Haz click y muévela con el mouse.
  • Sacudir ajustará las cadenas laterales por tí.

Instrucciones: Mueve la cadena principal hasta que la colisión desaparezca. Finalmente, usa Sacudir (SHAKE) para alcanzar el puntaje necesario.


Nivel 2-2: Cerrando la Brecha Editar

Objetivo: Obtener 8015 puntos

Pistas:

  • Encierra los hidrofóbicos para completar el nivel.
  • ¡Haz obtenido una nueva herramienta! Ahora puedes MENEAR (WIGGLE) la cadena principal. Úsala para relajar la forma de la proteína tras moverla.
  • Menear (Wiggle) ajusta la cadena principal en una forma más natural. Puedes detener el proceso usando la barra espaciadora.

Instrucciones: Arrastra el segmento superior para acercarlo a la guía. Posiblemente sea necesario girar la vista para que coincida de forma más precisa. Una vez que lo hayas logrado, obtendrás una nueva herramienta, úsala para completar el nivel.


Nivel 2-3: Cadenas Gemelas Editar

Objetivo: Obtener 8860 puntos

Pistas:

  • Puedes compactar la forma de esta proteína acercando las HÉLICES que la forman.
  • Los VACÍOS son espacios huecos en la proteína. Al compactar su forma, éstos estallarán.
  • Sacudir (Shake) se deshará de las colisiones. Menear (Wiggle) funciona mejor cuando no hay colisiones.
  • Menear (Wiggle) se encarga de los ajustes que son demasiado pequeños para hacerse manualmente.

Instrucciones: Rota la vista de manera que las hélices se vean paralelas entre sí. Mueve la hélice izquierda hasta que el vacío estalle. No importa que se generen colisiones en el proceso, usa Sacudir para hacerlas desaparecer. Finalmente, usa Menear para completar el nivel.


Nivel 2-4: Cadenas Triples Editar

Objetivo: Obtener 8760 puntos

Pistas:

  • Encierra a todos los hidrofóbicos que puedas. Las cadenas laterales de color naranja deben estar rodeadas.
  • Puedes evitar que esta hélice se mueva. Haz click con el botón central del mouse, o bien, mantén presionado SHIFT mientras haces click en ella para CONGELARLA (FREEZE)
  • Puedes tirar de esta hélice para acercarla al centro. ¡Esos vacíos necesitan ser eliminados!
  • Siempre es posible Deshacer (Undo).
  • Sacudir se encargará de las colisiones.
  • Menear usa pequeños movimientos para ajustar la cadena principal. Sin embargo, este proceso puede atascarse, te darás cuenta de ello si la puntuación deja de cambiar.

Instrucciones: Congela la hélice que te señala el tutorial. Mueve el segmento que se encuentra encima de ésta para eliminar todos los vacíos que puedas. (Si tu puntuacion cae, usa Deshacer para intentarlo una vez más) Usa Sacudir para eliminar cualquier colisión y finalmente Menear. Si aún no alcanzas el puntaje necesario, intenta Deshacer tus pasos y mover de la hélice superior de forma diferente.


Hydrogen Bonding (Enlaces de Hidrógeno)Editar

Nivel 3-1: Láminas JuntasEditar

Objetivo: Obtener 8050 puntos

Pistas:

  • Los hidrofóbicos no son los únicos componentes que desean estar juntos.
  • Este es un ENLACE DE HIDRÓGENO. Alinea las láminas para crearlos.

Instrucciones: Mueve la lámina del lado derecho de forma que coincida con la silueta. A medida que la acerques, tu puntuación aumentará.


Nivel 3-2: Láminas SolitariasEditar

Objetivo: Obtener 8550 puntos

Pistas:

  • Alinea los EMISORES rojos con los RECEPTORES azules para crear enlaces de hidrógeno.
  • Puedes conectar estas láminas con BANDAS ELÁSTICAS. Mantén presionado Shift y mueve el ratón formando una línea entre ambas.
  • ¡Intenta con esta lámina! Mientras presionas Shift, tira de ella con el mouse.
  • Las Bandas Elásticas se atraerán cuando uses Menear.

Instrucciones: Une las láminas con una Banda Elástica (Rubber Band) y usa Menear (Wiggle) para que la proteína comience a ajustarse. Si después de unos minutos no obtienes la puntuación requerida, detén el proceso, usa Deshacer y crea una nueva Banda Elástica, asegurándote que ésta toque las dos láminas. Un sonido te indicará si has unido dos láminas con una Banda Elástica.


Nivel 3-3: Láminas y EscalerasEditar

Objetivo: Obtener 8420 puntos

Pistas:

  • ¡Las Bandas Elásticas son gratis! Crea todas las que quieras.
  • Puedes mover la vista. Haz click con el botón derecho en el fondo blanco y mueve el mouse.
  • Cuando te encuentres cerca de la solución, puedes retirar las bandas y Menear nuevamente.

Instrucciones: Traza seis Bandas Elásticas: Tres uniendo la lámina superior a la central y otras tres que unan la central a la inferior. Si lo hiciste bien, al Menear la proteína, alcanzarás el puntaje necesario.


Nivel 3-4: Congela y AjustaEditar

Objetivo: Obtener 9850 puntos

Pistas:

  • A las láminas les agrada estar junto a otras. Los enlaces de hidrógeno te darán una gran cantidad de puntos.
  • Puedes CONGELAR las láminas que ya se encuentren en posición. Mantén presionado Shift y haz doble click sobre ésta.

Instrucciones: Congela la lámina que te indica el tutorial. Posteriormente, mueve la lámina que se encuentra separada de los demás. A medida que la alinees con las demás, tu puntuación aumentará. Cuando haya subido lo suficiente, usa Menear (Wiggle) para completar el nivel.


Sequences (Secuencias)Editar

Nivel 4-1: Entrelazado BásicoEditar

Objetivo: Obtener 8600 puntos

Pistas:

  • Estos niveles te enseñarán a usar la poderosa herramienta de ALINEAMIENTO (ALIGNMENT). Te permitirá usar las estructuras de proteínas reales, denominadas PLANTILLAS (TEMPLATES) para realizar el ENTRELAZADO (THREADING).
  • Presiona este botón para usar la herramienta de ALINEAMIENTO.
  • Esta estructura tridimensional te muestra la Cadena Principal de la PLANTILLA.
  • Las letras en la fila inferior corresponden a la SECUENCIA de la PLANTILLA. Se representa en 3D como una serie de esferas conectadas por líneas.
  • Las letras de la fila superior representan la SECUENCIA de tu proteína. Los cilindros tridimensionales muestran cómo su cadena principal se alinea con la de la PLANTILLA.
  • Al ENTRELAZAR, tu proteína intentará ajustarse con la PLANTILLA 3D en las posiciones marcadas por los cilindros.
  • Usa este botón para iniciar el ENTRELAZADO.
  • Ahora que haz ENTRELAZADO la proteína, intenta Sacudir (Shake) y Menear (Wiggle).

Instrucciones: En este acertijo, las pistas te guiarán paso a paso en el proceso de entrelazado. Síguelas y podrás pasar el nivel sin problemas.


Nivel 4-2: Alineando SecuenciasEditar

Objetivo: Obtener 8550 puntos

Pistas:

  • Activa otra vez la herramienta de alineamiento.
  • Esta vez, las letras y colores de ambas secuencias no coinciden muy bien que digamos.
  • La fila central indica qué tan bien coincide cada letra. La línea blanca aumentará de tamaño para indicar una coincidencia precisa.
  • Y este puntaje califica la forma en que ambas secuencias coinciden.
  • Puedes mover las letras usando el mouse o las teclas de dirección.
  • Puedes reiniciar, deshacer y rehacer usando estos botones.
  • Intenta alinear los colores. No te preocupes si dejas espacios, pero toma en cuenta que mientras menos espacios existan, es mejor. Cuando las filas estén alineadas, haz click aquí para iniciar el ENTRELAZADO.
  • Ahora que la haz entrelazado, intenta Sacudir (Shake) y Menear (Wiggle).


Instrucciones: Mueve la Cisteína de la posición 13 a la izquierda, hasta que coincida con su equivalente en la parte inferior. Desplaza la Glucina de la posición 19 un espacio a la derecha. Alinea la Serina del final de la secuencia y entrelaza la proteína. Finalmente, usa Sacudir (Shake) y Menear (Wiggle).

Nivel 4-3: Un Gran CambioEditar

Objetivo: Obtener 8900 puntos

Pistas:

  • Activa otra vez la herramienta de alineamiento.
  • Las secuencias no siempre se alinearán perfectamente. Puedes mirar la estructura de la plantilla para visualizar lo que sucederá después del proceso de entrelazado.
  • Un espacio en tu secuencia hará que la proteína se estire al ser entrelazada.
  • Un espacio en la secuencia de la pantilla compactará tu proteína al ser entrelazada.
  • Usa las secuencias para alinear este segmento de color púrpura y crear una lámina; observa como la estructura tridimensional se mueve cuando cambias el alineamiento.
  • ¡Pero ten cuidado al alinear esta curva! Mira la estructura y mantén los segmentos estirados lejos del resto de la proteína.
  • Si Sacudir (Shake) y Menear (Wiggle) no funcionan, intenta cambiar la alineación.

Instrucciones: Mueve la Serina de la posición 14 un espacio a la izquierda. Inicia el entrelazado y espera a que la puntuación suba. Cuando haya pasado un tiempo sin que esta cambie, usa Sacudir y Menear para completar el nivel.


Nivel 4-4: Reparando CurvasEditar

Objetivo: Obtener 8350 puntos

Pistas:

  • Activa otra vez la herramienta de alineamiento.
  • Este alineamiento no coincide muy bien, así que necesitarás observar esta estructura.
  • Concéntrate en esta curva, e intenta reducir cualquier estiramiento. ¡Sin embargo, procura mantener una buena alineación!
  • Si Sacudir (Shake) y Menear (Wiggle) no funcionan, intenta cambiar la alineación.

Instrucciones: Mueve la Lisina de la posición 17 un espacio a la izquierda. Después, mueve la Alanina de la posición 18 un espacio a la derecha, inicia el entrelazado y espera a que aparezca un nuevo mensaje del tutorial. Entonces, el proceso de entrelazado terminará automáticamente. Usa Sacudir y Menear para obtener la puntuación que necesitas.


Tweak and Rebuild (Ajustar y Reconstruír)Editar

Nivel 5-1: VolteandoEditar

Objetivo: Obtener 9300 puntos

Pistas:

  • Algunas veces tendrás que rotar segmentos para encerrar los hidrofóbicos.
  • Puedes rotar esta hélice con la herramienta AJUSTAR (TWEAK). Haz click con el botón derecho del mouse para encontrarla.
  • Haz click y mueve el ratón sobre las flechas de color púrpura para girar. Presiona Detener (Stop)' para dar por terminado el ajuste.

Instrucciones: Haz click con el botón derecho del mouse sobre el segmento con forma de hélice y selecciona Ajustar (Tweak) en el menú que aparece. Haz click sobre la flecha morada que apunta en sentido contrario a las manecillas del reloj y comienza a mover el mouse poco a poco. Presta atención al puntaje, éste aumentará para indicarte que lo estás haciendo correctamente; cuando haya alcanzado su punto máximo, presiona Detener (Stop). Finalmente, usa Sacudir y Menear.


Nivel 5-2: La Rotación CorrectaEditar

Objetivo: Obtener 9130 puntos

Pistas:

  • Las estructuras de color naranja deben apuntar hacia adentro de la proteína, las azules hacia afuera.
  • Haz click con el botón derecho del mouse sobre una hélice para ajustar.

Instrucciones: Haz click con el botón derecho del mouse sobre la hélice que te indica el tutorial y selecciona Ajustar (Tweak) en el menú emergente. Haz click sobre la flecha morada que apunta en sentido de las manecillas del reloj y comienza a mover el mouse poco a poco. Presta atención al puntaje, éste aumentará para indicarte que lo estás haciendo correctamente; cuando haya alcanzado su punto máximo, presiona Detener (Stop). Por último, usa Sacudir y Menear.


Nivel 5-3: Volteando LáminasEditar

Objetivo: Obtener 9300 puntos

Pistas:

  • Una de estas láminas tiene hidrofóbicos que necesitan ser encerrados. Puedes voltear fácilmente una lámina con Ajustar.
  • Las flechas rectas harán que la lámina gire 180°, conservando sus enlaces de hidrógeno.

Instrucciones: Haz click con el botón derecho del mouse sobre la lámina que te indica el tutorial y selecciona Ajustar (Tweak) en el menú emergente. Haz click sobre la flecha morada que apunta hacia abajo y muévela hasta que la lámina coincida con las demás. Por último, usa Sacudir y Menear.


Nivel 5-4: Invirtiendo Bandas ElásticasEditar

Objetivo: Obtener 9350 puntos

Pistas:

  • Esta curva de color rojo contiene un hidrofóbico apuntando hacia afuera. Puedes revertir el zig zag con RECONSTRUÍR (REBUILD)
  • Las Bandas Elásticas pueden apuntar hacia cualquier punto en el espacio. Puedes usarlas para dirigir la herramienta Reconstruír.
  • Reconstruír prueba diversos cambios a la forma de la proteína. Haz click con el botón derecho del mouse en la cadena principal para iniciar el proceso.
  • Presiona Detener (Stop) cuando Reconstruír encuentre la forma que desees. Sacudir y Menearse encargarán de las colisiones.
  • Esta se ve como una buena forma. Usa Sacudir y Menear para mejorarla.
  • Puedes Menear una sección de forma independiente. Haz click con el botón derecho del mouse sobre ella y elige Menear.

Instrucciones: En esta caso, las pistas te guiarán paso a paso en lo que debes hacer para completar el nivel. Presta mucha atención cuando te indique que ha encontrado una buena forma para la proteína, si no detienes rápido el proceso de reconstrucción tendrás que esperar a que esa forma se repita, o bien reiniciar el nivel.


Nivel 5-5: AvanzandoEditar

Objetivo: Obtener 8400 puntos

Pistas:

  • Algunas veces, podrás MOVER piezas enteras de la proteína. Haz click en una pieza para activar la herramienta MOVER. Posteriormente, mantén presionado el BOTON DERECHO del mouse en cualquier parte de la herramienta para mover la pieza.
  • No podrás tirar de la cadena principal en este acertijo.

Instrucciones: Haz click sobre la hélice de la parte inferior. Debe aparecer un icono de color púrpura, haz click en él con el botón derecho para mover este segmento. Después que lo hayas alineado con la silueta, usa Sacudir y Menear.


Protein Design (Diseño de Proteínas)Editar

Nivel 6-1: Introducción al DiseñoEditar

Objetivo: Obtener 9350 puntos

Pistas:

  • Bienvenido a los acertijos de diseño. ¡Aquí tendrás el poder de diseñar nuevas proteínas!
  • ¡Los segmentos con colores brillantes pueden ser rediseñados!
  • Algunas de estas cadenas secundarias son muy largas. Puedes cambiar esto en Modo Diseño. (Design Mode)
  • Para entrar en Modo Diseño, haz click en la pestaña Modos y elige Diseño, o presiona 4.

Instrucciones: Cuando el tutorial haya terminado, haz click en cualquiera de los hidrofóbicos y un nuevo menú aparecerá. Éste te mostrará todos los compuestos en los que puedes mutar al que seleccionaste, la rueda interior muestra diferentes tipos de hidrofílicos y la exterior, de hidrofóbicos. Los acertijos de diseño pueden solucionarse de varias formas, en este caso, sólo intenta reemplazar los hidrofóbicos por otros que sean más pequeños en tamaño.


Nivel 6-2: Cambiando Cadenas SecundariasEditar

Objetivo: Obtener 9608 puntos

Pistas:

  • En este caso, las cadenas secundarias son muy pequeñas, lo que provoca vacíos en la estructura.
  • Intenta reemplazarlos por hidrofóbicos más grandes.
  • Para hacerlo, entra en Modo Diseño.
  • Si te atoras, puedes reiniciar el nivel.

Instrucciones: En este nivel, tendrás que reemplazar los hidrofóbicos por otros más grandes.


Nivel 6-3: Mutación MasivaEditar

Objetivo: Obtener 8745 puntos

Pistas:

  • Esta hélice posee muchos hidrofóbicos anaranjados que no se encuentran encerrados.
  • Puedes cambiarlos por hidrofílicos azules con el Modo Diseño.
  • ¡Haz obtenido una nueva herramienta! Mutar cadenas secundarias (Mutate Sidechains) funciona como Sacudir, permitiéndote alterar varias cadenas al mismo tiempo.
  • Puedes detener el proceso de Mutar cadenas secundarias usando la barra espaciadora.

Instrucciones: Cambia los hidrofóbicos por los distintos tipos de hidrofílicos, si la puntuación disminuye, intenta con otro compuesto. Cuando obtengas suficientes puntos, una nueva herramienta se activará. Úsala para terminar el nivel.


Nivel 6-4: Agregar y BorrarEditar

Objetivo: Obtener 9190 puntos

Pistas:

  • Esta línea roja es una LIMITANTE, indica que los segmentos que conecta deben estar más cerca.
  • Puedes cambiar la longitud de la hélice añadiendo o borrando segmentos.
  • Haz click con el botón derecho del mouse en un segmento de la hélice y elige el comando Insertar Entre. (Insert Between) Las zonas brillantes te indicarán la posición en que aparecerá el nuevo segmento.
  • Usa Menear y Mutar cadenas secundarias para terminar el nivel.

Instrucciones: Sigue las pistas que te proporciona el tutorial y podrás finalizar este nivel sin problemas.


More Molecules (Más Moléculas)Editar

Nivel 7-1: Presentando a los LigandosEditar

Objetivo: Obtener 8888 puntos

Pistas:

  • Estos niveles te encontrarás con otras moléculas, además de las proteínas.
  • Esta pequeña molécula es un LIGANDO. Las proteínas pueden ser diseñadas para acoplarse a los ligandos.
  • Los enlaces de hidrógeno son importantes para el acoplamiento. Conecta átomos rojos con átomos azules para formar enlaces entre el ligando y las cadenas secundarias.
  • Haz click en el ligando para usar la herramienta MOVER. Una vez que aparezca, haz click con el BOTÓN DERECHO y mueve el mouse para hacer que la molécula se mueva hacia arriba, abajo, izquierda o derecha. Usa el BOTÓN IZQUIERDO para rotarla y usa SHIFT + BOTÓN IZQUIERDO o BOTÓN CENTRAL para acercar o alejar la molécula.
  • Cuando el ligando se encuentre en una buena posición, usa Menear.

Instrucciones: Haz click sobre el ligando, y usa el botón derecho del ratón para moverlo hasta que se creen enlaces de hidrógeno. Si lo hiciste correctamente, el tutorial te mostrará una nueva pista. Usa Menear para alcanzar la puntuación requerida para terminar el nivel.


Nivel 7-2: Ligandos y Limitantes Editar

Objetivo: Obtener 8250 puntos

Pistas:

  • Éstas son LIMITANTES. Las limitantes en color rojo están siendo violadas. ¡Haz todo lo posible para que cambien de color a verde!
  • Una vez que acerques el ligando, usa MENEAR CADENAS SECUNDARIAS (WIGGLE SIDECHAINS) para hacer que éstas y el ligando se ajusten. Al usarlo este comando observa la diferencia entre éste y Sacudir Cadenas Secundarias (Shake Sidechains).

Instrucciones: Mueve el ligando hasta que dos de las tres limitantes cambien de color a verde, entonces usa Menear Cadenas Secundarias y espera a que el puntaje deje de cambiar. Finalmente, usa Sacudir Cadenas Secundarias.


Nivel 7-3: Acoplamiento de ADN Editar

Objetivo: Obtener 8420 puntos

Pistas:

  • Este es un segmento de ADN. Las cadenas secundarias de ADN se acoplan a partir de su color y tamaño.
  • ¡Alinea cadenas del mismo color y tamaños opuestos para formar una gran cantidad de enlaces de hidrógeno!
  • Observa esta gran cadena secundaria de color amarillo, coincide con una pequeña del mismo color.
  • Usa el Modo Diseño para encontrar las piezas que coinciden con las cadenas secundarias de color púrpura.

Instrucciones: Haz click sobre las cadenas secundarias de color brillante, empezando por la inferior. Cambia esta y la superior por Guanina. Finalmente, cambia la que se encuentra en el centro a Citosina.


Nivel 7-4: ADN y Proteínas Editar

Objetivo: Obtener 8100 puntos

Pistas:

  • ¡El ADN puede unirse a las proteínas por medio de enlaces de hidrógeno! Haz mutar esta proteína para que pueda formar mejores enlaces.
  • Intenta añadir un hidrofílico largo en esta posición.
  • Aquí, intenta usar un hidrofílico más cortoy bifurcado.

Instrucciones: Reemplaza el primer hidrofóbico por Lisina y el segundo por Asparagina para alcanzar el puntaje requerido.

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